1.沼氣會產生硫化氫，硫化氫具有較強的毒性，空氣中濃度為14.mg/m3（標）時，會引起結膜發炎和角膜發炎，當濃度大約為280mg/m3（標）時會造成昏迷，呼吸困難乃至死亡。

    2.硫化氫燃燒生成的二氧化硫，遇水生成硫酸分子，腐蝕周圍的設備，污染環境，接觸到金屬，格外是有色金屬就會發生腐蝕。

    3.脫硫方法?現行的沼氣脫硫方式按照理化性質，大致可以分別采用物理、化學和生物三種方法。而沼氣脫硫設備直接脫硫方法按照原理的不同又可分為濕式法和干式法。