沼氣工程設備制作的沼肥比較適合進行基肥深施，在水田里施肥的時候醉好是在耕田的時候進行，這樣一來就會讓泥和肥進行充分的結合，如果想要在旱田里面進行施用的話就要集中起來進行施用，然后在上面蓋上100毫米的土，這樣一來就能夠減少養分的揮發；做追肥使用的話要按照沼肥的質量和作物的生長情況來進行摻水處理，以免傷害到作物的幼根和嫩葉。

       沼氣工程設備產出的沼渣、沼液本身就是天然的有機肥料，不光是可以作為基肥和追肥使用，還可以作為養魚的飼料來使用；而且這樣一來的話會大大的減少環境污染的情況，從而實現種植業、養殖業的一個和諧發展。而且這樣不僅是解決了養殖污染所帶來的環境污染的問題，還可以把廢棄物進行資源化利用，從而帶來客觀的效益。